Но второй победы не последовало. Войска противников простояли на небольшом расстоянии друг от друга в течение шести недель после битвы при Асперне в бездействии. Однако же Наполеон лучше сумел воспользоваться временем, нежели эрцгерцог, оказавшийся не на высоте в столь решительный момент. Слабый польский корпус Понятовского отступил перед эрцгерцогом Фердинандом, который взял Варшаву и проник до самого Торна в Западной Пруссии, не будучи задержан союзниками Наполеона — русскими; но на этом дело остановилось, и Фердинанд вернулся обратно во второй половине мая. Главное действие должно было произойти в центральном пункте, на венской равнине; то, что происходило вне ее, не имело большого значения.

В Италии военные действия были удачно начаты эрцгерцогом Иоанном: он нанес поражение вице-королю итальянскому при Сачиле, но общее неудачное начало войны вынудило его к отступлению, которое он совершил неторопливо, храбро обороняясь от превосходящих сил неприятеля. Он подошел к венгерской границе 1 июля; проиграв сражение при Раабе 14 числа, перешел Дунай у Коморна и направился к Пресбургу, приближаясь, таким образом, к главной армии, в то время как Наполеон, тоже сосредоточивая свои силы, начал 4 июля вторично переводить войска на левый берег Дуная, восточнее переправы. Все было приготовлено и предусмотрено, и на Мархфельде, к северо-востоку от места битвы 22 мая, произошло 5 и 6 июля второе большое сражение, названное битвой при Ваграме, по имени села, у которого было расположено правое австрийское крыло 6 числа.

Главные силы австрийцев стояли на высотах за Русбахом между Маркграфеннейзиделем и Ваграмом; после боя на различных пунктах в течение 5 числа и когда французы после успешной переправы подошли к австрийской позиции, Наполеон подал сигнал к наступлению. Но эта атака была отбита, а наступившая ночь заставила прекратить бой, что было выгодно французам. На следующее утро сам эрцгерцог перешел в наступление, причем дал знать о том эрцгерцогу Иоанну, находившемуся уже лишь в небольшом однодневном переходе от главных австрийских сил. Он должен был ускорить свое движение и прибыть к левому крылу австрийской диспозиции, чтобы ударить по правому французскому флангу.

Бой начался с самого рассвета. На стороне французов было громадное превосходство: 180 000 человек под командованием Удино, Массены, Бернадота, Даву. Войска вице-короля тоже состояли в этих рядах. До полудня успех колебался, однако эрцгерцог, сознавая невозможность одолеть превосходящие силы противника, решился пробить отбой; отступление австрийцев началось в полном порядке; к пяти часам пополудни прибыл эрцгерцог Иоанн со своими 12 000 человек. Но было уже поздно и его отряд был слишком слаб для решения участи дня. Поэтому он снова отступил в Венгрию; главнокомандующий избрал направление движения на Цнайм. Так называемая честь оружия была спасена: трофеи французов были скудны — всего 9 пушек, 1 знамя, между тем как австрийцы взяли 7000 пленных, 11 пушек, 12 орлов и знамен. Обе стороны потеряли много убитыми и ранеными и почти в равной степени: общие потери составили около 20 000 человек. Французы не могли тотчас же начать преследование неприятеля и новый бой у Цнайма завязался лишь 10 и 11 июля.

Бивак Наполеона с 5 на 6 июля 1809 г. при Ваграме. Рисунок с натуры работы Цикса