Вслед за папскими владениями, в следующих месяцах того же года (1798 г.), Швейцария была объявлена единой и безраздельной Гельветийской республикой. Для осуществления этой нераздельности, Мюльгаузен (28 января) и Женеву (17 мая) включили в состав Французской республики. Здесь, как и везде, успеху революции способствовало печальное устройство общественных учреждений. Они нигде не шли с веком, нигде не обладали способностью применяться к требованиям прогресса. Замкнутость патрициев, городской знати, нерасположение их к сельскому населению и даже к городским цехам подготовили победу демократической партии, которая в настоящем случае была также французская. Начал кантон Ваадский (Во), который отделился от Берна, и провозгласил себя Леманской республикой; вскоре (апрель) там устроили директорию по французскому образцу. Конституция ее была составлена и набросана в Париже, по тамошнему образцу. Страну заняли французскими войсками. В уплату за все эти благодеяния, французское правительство, уже в марте месяце, вознаградило себя, основательно разграбив казначейство, цейхгауз и хлебные магазины в Берне. Добычу, захваченную здесь только, оценивали в 42 миллиона франков.

Партия господ нигде ни нравственно, ни физически не могла оказать серьезного сопротивления. Только в кантонах Ури, вокруг Вальдштетского озера, управление которых было демократическое, а население католическое и религиозно настроено, ход дела был иной; религиозное настроение и духовенство выказали здесь свое влияние. Надеялись заставить их покориться, запретив вывоз хлеба; но они вооружились сами и дрались недурно. При Рапперсвиле, при Ротентурме, при Арте, под начальством генерала Шауенбурга, они вспомнили прежнюю борьбу свою с французами за свободу. О победах, конечно, нельзя было помышлять: 3 мая французы заняли монастырь Эйнзидель и выслали знаменитую икону Богоматери как добычу в Париж. 5 мая кантоны Швиц, Ури, Унтервальден, Гларус, Цуг должны были признать Гельветийскую республику.