Иоанн, старший после царя Федора, сын царя Алексея (от первого брака), был юноша болезненный, хилый и слабоумный. Передача ему престола представлялась делом невозможным. В отличие от него, десятилетний царевич Петр (сын царя Алексея Михайловича от второго брака) был крепок здоровьем, обладал быстрым умом и способностями не по летам. После долгих совещаний патриарх и бояре решили, что на престол следует возвести царевича Петра Алексеевича, и этот выбор был единогласно одобрен людьми всех сословий, собранными по приказанию патриарха на площадь.

То положение правительницы, которое предстояло занять царице Наталье, матери царевича Петра, и ее родственникам, пробудило ненависть в детях царя Алексея от первого брака и в их родственниках. Одна из дочерей царя Алексея, царевна Софья – женщина умная и энергичная – решилась не уступать мачехе и отстоять права на престол своего единоутробного брата, царевича Иоанна.

При помощи своего дяди, хитрого боярина Милославского, царевна Софья привлекла на свою сторону стрелецкие полки, стоявшие в Москве и под Москвой, и произвела в 1682 году кровавый переворот, во время которого были беспощадно убиты многие родственники царицы Натальи и ближайшие ее сторонники. Опираясь на буйных стрельцов, царевна Софья добилась того, что царевич Иоанн Алексеевич был признан царем наравне с Петром, она сама провозглашена правительницей, а царица Наталья устранена от правления.

Правление Софьи продолжалось семь лет, пока Петр не вышел из отрочества и не достиг 17-летнего возраста. Тогда уже он воспользовался первым удобным случаем, чтобы продемонстрировать свою самостоятельность и порвать с сестрой-правительницей, которая вынуждена была ему уступить после слабой попытки к борьбе – и кончила жизнь в монастыре. В первых числах октября 1689 года Петр вступил уже в самостоятельное управление государством, тогда как его брат и соправитель, царь Иоанн, до смерти своей оставался царем только номинально.