В Шотландии заседал свой особый парламент, и там, как и в Англии, доминировало реакционное движение, действовавшее в интересах прежних церковных порядков. В этом духе произносились проповеди и издавались брошюры. Попытки примирить епископство с пресвитерианством, разумеется, не привели ни к чему, хотя сам король, равнодушный в отношении к религии, очень желал церковного соглашения и предоставлял большую свободу совести всем, особенно своим католическим подданным.

Вновь избранный парламент был открыл 8 мая 1661 года. Он оказался монархичнее самого монарха, который мог с большим трудом применить на деле дарованную прежним парламентом и им, королем, подтвержденную амнистию – настолько сильно противилась этой амнистии новая палата, несомненно первая, которую можно считать действительно законной.

Были восстановлены светские права епископов, а также так называемые акты единообразия (Acts of uniformity), изданные в мае 1662 года, устанавливавшие принадлежность к англиканской Церкви необходимым условием для права на пасторское служение и получение доходов с церковных владений. Таким образом учения Лауда снова взяли верх. Никакие петиции против этих решений успеха не имели. Для изъявления покорности был назначен короткий срок, и около 2000 пресвитерианских пасторов должны были покинуть свои приходы, простясь с ними в последнем богослужении, допускаемом сроком. В это же время Ламберт и Генри Бэн были приговорены к смерти за государственную измену. Ламберт просил о помиловании и его пощадили, но Бэн не хотел отречься от своих политических и религиозных убеждений и пал на том самом месте, на котором был казнен Страффорд.