Но пресвитерианская партия еще не считала себя погибшей. Кромвель тщетно указывал ей на то, что она хочет основать «Царствие Божие» с «королем-злоумышленником» во главе. Перед сражением вожди этой партии вынудили молодого короля подписать мерзкую по своей сути декларацию, в которой его заставили обвинить своих отца и мать в их идолопоклонстве, навлекшем гнев Божий на их семью.
Однако, когда «независимые», начавшие образовывать свою партию и в Шотландии, пресвитериане были вынуждены искать поддержки у умеренной партии и у старороялистов, они стали лучше обращаться с Карлом II: предоставляли ему некоторую свободу и в январе 1651 года он был коронован в Сконе, по старинному шотландскому обряду. Корону возложил на него маркиз Арджейль, глава пресвитерианской партии. Вокруг нового короля собралось довольно значительное, хотя и не твердо сплоченное войско. Карл II, зная, что в Англии было много недовольных новым порядком, а верность монархическому началу еще не до конца искоренилась в народе, смело решился на вторжение в Англию.
На английской земле его приветствовали как короля, и он без особых помех дошел до Ворчестера, то есть прошел более половины пути до Лондона. Но здесь его встретил Кромвель, который сознательно позволил шотландцами зайти так далеко, и 3 сентября 1651 года, ровно через год после победы при Денбаре, англичане легко одержали победу и здесь, под стенами Ворчестера и на самих улицах города. Шотландцы потеряли около 3000 человек убитыми и 6000 человек пленными. Сам молодой король успел спастись, с ним осталось лишь 60 человек.
Если бы республиканский строй был действительно популярен в народе, то короля, скорее всего, ожидала бы участь своего отца – он был бы предан и казнен. Но Карл полтора месяца скрывался в Англии, скитаясь с места на место, пока, наконец, не добрался до побережья и не нашел судна, которое доставило его в Голландию, где он был уже в безопасности. Кромвель оставил в Шотландии генерала Монка, который покорил Денди, Стирлинг и затем постепенно всю страну до крайнего севера. В Ирландии, Иртон, умерший в ноябре того же года, был заменен генералом Ламбертом, потом Флитвудом. Кромвель вернулся в Лондон абсолютным победителем всех врагов республики.