Закончив главные мероприятия, он возложил выполнение остальной задачи на своего зятя Иртона. Стране было неплохо под этим суровым, но неприхотливо-жестоким управлением. Самого Кромвеля призывала в Шотландию новая, едва ли не большая опасность. Казнь Карла I не устрашила графа Монроза. Весной 1650 года он появился на Оркнейских островах с несколькими сотнями человек, оттуда перешел в горную Шотландию и призвал там население к оружию во имя Карла II. Но он не устоял в борьбе против господствовавшей партий, его малочисленный отряд был разбит, сам он взят в плен и казнен через повешение в Эдинбурге.

Однако эта господствовавшая партия сама признала Карла II, сразу после казни его отца. Ее лидеры понимали, что при новом порядке в Англии, Шотландии суждено было играть второстепенную или третьестепенную роль, и что победа их пресвитерианского законоучения, которому они были фанатически преданы, все более и более превращается в нечто вроде поражения. Они предложили свои условия молодому королю, проживавшему в Гааге, у зятя своего, принца Оранского Вильгельма II. Он принял эти условия после некоторого колебания, прибыл из Голландии в Шотландию (июль 1650 г.), дал клятву соблюдать «Ковенант» и все остальные условия, предложенные ему высокомерными пиэтистскими проповедниками и примкнувшими к ним наиболее влиятельными феодалами, которые заправляли всем в стране. Он подтвердил все изданные в прошлом постановления, составленные в строго пресвитерианском духе, а в будущем обещал стоять в зависимости от парламента и собрания. По этому странному соглашению легкомысленный молодой человек позволял издавать от своего имени прокламацию, в которой давал обет поощрять и распространять то, что эти ограниченные ревнители считали «царствием Божьим» и к чему они готовили этого юношу бесконечными проповедями, которые должны были внушить ему на всю жизнь отвращение к протестантству.