В то время, как католики намеревались завладеть нижнерейнскими землями, в габсбургских владениях им никак не удавалось установить свое влияние. Помимо своей неспособности управлять государством, Рудольф II еще и тем вредил своему народу, что не обращал на него внимания, а проводил время в любовных похождениях, занимался конным спортом, астрономией, собиранием коллекций и т. п. Поэтому повсеместно – в Силезии, Венгрии и Богемии – все, кто мог пользовались его небрежностью для достижения своих религиозных и корыстных целей; беспорядок и своеволие не имели пределов.

Эрцгерцоги объявили законным представителем габсбургского дома брата императора Матвея, на основании «периодически проявлявшегося слабоумия его римско-католического величества». Дело дошло до своего рода домашней войны между Габсбургами, в результате которой Рудольф II в 1608 году вынужден был передать своему брату управление Австрией и Венгрией в нижнем и верхнем течении реки Инн. Между тем в Венгрии образовались евангелические общества, и протестанты нашли себе заступника в лице Стефана Бочкаи (Boczkay), князя Седмиградского, с которым правительству пришлось заключить мир, обеспечивавший венграм свободный выбор вероисповеданий и принимавший Матвея под покровительство венгерских законов. Это произошло в Вене в 1606 году.

Подношение венгерской короны Матвею в 1608 г. Из «Исторической летописи» Готфрида

Такого удобного случая не захотели упустить и чехи, на родине которых за последнее время особенно разрослось реформационное движение. В 1609 году они предъявили своему слабому и нерадивому монарху так называемую «грамоту Величества» (Majestaetsbrief), в которой протестантам предоставлялась полная свобода вероисповедания, богослужений и проповедей, сооружения новых храмов, выбор проповедников и защитников (Defensores). Из распри, возникшей между царственными братьями, чехи сумели извлечь пользу. В 1611 году от лица всесословного собрания и тридцати правителей Богемии, Матвей был призван в Прагу, и Рудольфу II пришлось уступить брату и богемскую корону. Таким образом он сам, Рудольф, остался лишь при своей общеимператорской короне, да и то номинально. К счастью для него, смерть вскоре прекратила его бесполезную жизнь в 1612 году.

Император Матвей. Гравюра на меди работы Эгидия Саделэра с портрета 1616 г.