В самом сердце Европы возникли религиозные распри, что, впрочем, явилось закономерным развитием событий. Аугсбургский договор возвратил протестантизму его положение, дал положительные результаты в заселенных протестантами районах. Но все же не водворил окончательно религиозного мира. Новые воззрения в кругу протестантов не подкрепили старых начал, но беспрестанно подавали повод к новым спорам и неурядицам. В то время, как католическая Церковь могла похвастаться духом единства, протестанты не могли ужиться между собой, спорили и нападали друг на друга. Кроткий и снисходительный Меланхтон очутился во главе целой «школы» своих приверженцев, прямой противоположностью которых были последователи Кальвина. Несмотря на все его старания к примирению, даже его «школа» называла эти попытки слабостью и изменой. Ко всему этому примешалась злоба и зависть бывших «герцогских» саксонцев в отношении новых, «курфюрстских». Причем главными ревнителями были Матвей Флаций Иллирик и друг Лютера Амсдорф. К основному протестантскому учению об «искуплении» теперь примешались еще споры «синергистов» и «адиафористов». Предметом этих споров были вопросы: действительно ли человек сотворен был безгрешным или его только называют таковым; о грехопадении и о том, волен ли человек настолько, чтобы ощущать в себе стремление к достижению божественной благодати; наконец, необходимы ли добрые дела для достижения блаженства? Они не допускали мысли, чтобы Меланхтон соглашался с адиафористами лишь внешне. В 1559 году Амсдорф дошел до того, что высказал чудовищное положение, будто «добрые дела вредят достижению блаженства», и это воззрение «правильно и верно духу христианства». Увлечение духовных лиц этими вопросами, которые волновали и глубоко интересовали народ, все усиливалось .

Эти духовные лица, особенно те, которые имели влияние на главу государства, раздували пламя духовной, религиозной вражды. Они, так сказать, направляли ее в ту или другую сторону, придавали ей тот или другой оттенок. Это влекло за собой иногда такое духовное тиранство, перед которым прежнее насильственное обращение в реформатскую веру было ничто. Хорошо ли, дурно ли были направлены стремления объединить людей духовно, все равно они вели лишь к еще большим недоразумениям, порождали новые распри. До какой степени сильна была злоба и ненависть в богословах того времени, видно из последних слов умирающего Меланхтона, что он благодарит Бога за избавление от ярости богословов (rabies theologorum). Меланхтон скончался в Виттенберге 19 апреля 1560 года.