Немаловажной была деятельность Бориса Годунова и по отношению к внутреннему управлению государством. По его плану в царствование царя Федора были претворены в жизнь две важные государственные меры: 1) учреждение самостоятельного всероссийского патриаршества; 2) прикрепление крестьян к земле.

Учреждение патриаршества было вызвано тем, что митрополит Московский и всея Руси, высший представитель церковной власти обширного и могущественного государства, должен был подчиняться восточным патриархам, которые даже у себя дома не обладали ни властью, ни авторитетом и постоянно нуждались в материальной помощи московских государей. Когда в 1588 году Константинопольский патриарх Иеремия (старейший из восточных патриархов) прибыл в Москву, Борис Годунов от имени царя Федора предложил ему окончательно поселиться в Москве и принять на себя сан патриарха Всероссийского. Но Иеремия отклонил предложение и посоветовал возвести в этот сан Московского митрополита Иова, который и был провозглашен первым патриархом Всероссийским.

Другая мера – прикрепление крестьян к земле – была вызвана экономическими особенностями жизни Московского государства. До конца XVI века крестьяне представляли собой сословие вольных землепашцев, которые не имели собственной земли, жили и работали на землях, отведенных в поместья дворянам и детям боярским. За право пользования помещичьей землей, крестьяне были обязаны часть времени работать на помещика. Помимо этого они обязаны были платить определенные подати и нести известные повинности в пользу государства. Осенью, по окончании работ на землях одного помещика, крестьяне имели право переселяться на земли другого, т. е. пользовались «правом свободного перехода». Это право было весьма выгодно для богатых помещиков и для монастырей, владевших огромными землями. И те, и другие переманивали к себе крестьян отовсюду, предлагая им разные льготы, что вызывало отток рабочей силы от хозяйств мелких помещиков, что нередко приводило к разорению. Но мелкие помещики и составляли главную военную силу государства. Более того, при таком «праве свободного перехода» распределение нагрузки податей и повинностей оказывалось весьма затруднительным. Поэтому Борис Годунов особым царским указом окончательно прикрепил крестьян к земле и всякий переход от одного помещика к другому запретил под страхом суровых наказаний (1597 г.).