Мария была настолько легкомысленна, что надеялась найти у Елизаветы управу на своих возмутившихся лордов. Видно, в недобрый час решилась она на этот шаг; да у нее, собственно говоря, и не было иного выбора. То было время, когда Альба свирепствовал в Нидерландах и когда надежды сторонников католической реставрации были самыми радужными.
Елизавета не одобряла действий шотландских лордов по отношению к своей королеве, но, вместе с тем, была не настолько безрассудна, чтобы самой отдать власть в руки женщине, которая уже доказала, на что она была способна. Мария считала, что все разрешается, если идет на пользу Церкви Господней. С помощью власти, она, конечно, могла бы привести в исполнение свои испанско-папистские замыслы.
Однако и положение самой Елизаветы, и государственный вопрос, поднятый королевой шотландской, были довольно затруднительны. Наказывать Марию за все происшедшее она, королева английская, не имела никакого права, а оттолкнуть ее и передать в руки ее врагов – было бы непристойным и не королевским поступком. Дать ей свободу, чтобы она могла бежать во Францию или Испанию, было опасно. Поэтому Елизавета избрала среднее: она приняла Марию с большим почетом и уважением, но затем велела отвезти ее в Фотерингэй (в Нортгемптоншир) под надежной охраной. Но и эта мера не принесла никакой пользы. Напротив, она даже в какой-то мере оказалась откровенно вредной. С личностью шотландской королевы были связаны важные вопросы и права. С точки зрения строгих католиков и папистов, Мария, именно она, и никто другой, была наследницей и полноправной королевой Англии. Последствия такого настроения не заставили себя долго ждать.
В 1569 году открыто вспыхнуло возмущение в северных графствах Англии, где население еще было верно католицизму. Едва удалось его подавить, как ему на смену явилась папская грамота, в которой, отлучая королеву Елизавету от Церкви, папа Пий V в высокопарных выражениях угрожал тем же и всем баронам, всему населению Англии, если они вздумают исполнять волю этой женщины. Последствием этого явилось усиление законов против «нонконформистов». Но волнение все возрастало. В Англию все прибывали и прибывали беглецы из Нидерландов. Тайно, но усердно готовился новый план переворота, целью которого было слияние королевств Англии и Шотландии под властью католического властелина посредством его брака с Марией. В 1571 году главным заправилой этого дела был представитель английского дворянства Томас, герцог Норфолк, человек, который до тех пор придерживался, по-видимому, протестантизма. Он вел тайные переговоры с Испанией и с папой, но английское правительство тоже не дремало.
Прежде чем испанцы успели разрешить вопрос, сейчас ли посылать в Англию свои войска или подождать, пока заговорщики схватят Елизавету, герцог Норфолк был арестован и в совете пэров признан виновным в государственной измене, а затем казнен на Тоуэрхилле. Борьба протестантов и католиков разгорелась еще сильнее. С одной стороны, восстали: во Франции гугеноты, в Нидерландах – мятежники, в Англии – королева Елизавета, а с другой – король испанский, партия Гизов (во Франции), Альба (в Нидерландах) и королева шотландская – в заточении.
Елизавета вынуждена была сразу обратить свою политику против Рима и испанцев. Это еще более разожгло фанатическую преданность противной партии католицизму, которая ни перед чем не останавливалась. Самыми ярыми приверженцами последней были воспитанники или эмиссары Реймской семинарии, которые, начиная с 1580 года, стали появляться в Англии в переодетом виде. Они поддерживали и разжигали фанатизм католической партии, указывали на королеву, томившуюся в заточении, как на законную наследницу английского престола и предсказывали, что в ближайшем будущем испанцы вторгнутся в пределы Англии. В Англии до этого времени жилось довольно мирно, но чем сильнее разгоралась вражда католиков и протестантов, тем беспокойнее становилось население, принадлежавшее частью к той, а частью к другой стороне. Законы против католиков становились день ото дня неумолимее. На какие крайности были способны эти фанатики, ясно доказало убийство герцога Оранского в Нидерландах в 1584 году. Тогда еще ревностнее в Англии стали все уповать на близость переворота и считать его центром Марию, заточенную королеву шотландскую. Из среды народа и дворян возникло «общество» (Association) для охраны жизни и прав Елизаветы. Утвержденное в 1585 году парламентом, оно тотчас же издало постановление, направленное против Марии и ее притязаний на престол Елизаветы.