Но в одном пункте король лигистам не уступил и, несмотря на всю свою испорченность, несмотря на всю слабость воли, не решился изменить традициям французской короны и отменить права Генриха Наваррского на престол. Но он все же должен был подчиниться фанатическим затеям партии лигистов и вновь начать войну с гугенотами. Король и герцог Гиз объединенными силами стали воевать против них, между тем как папа Сикст V особой буллой объявил и короля наваррского, и его младшего брата Конде лишенными всяких прав на французскую корону.

И в эту, шестую, войну с гугенотами повторилось то же, что и в предшествующие войны: немецкие и швейцарские вспомогательные войска присоединились к гугенотам, на сторону которых склонились и «политики», как, например, Дамвилль. К тому же им помогали в значительной степени и те разногласия, которые были в королевском лагере. Крупных военных успехов не одерживали ни та, ни другая сторона, война затягивалась и эта ее продолжительность была как нельзя более по вкусу королю Филиппу II, который одинаково не желал ни большего усиления королевской власти во Франции, ни даже ее полного перехода в католицизм, а только поддерживал в ней междоусобицы. Так длилась война почти два года (1586-1587 гг.). В течение этого времени король успел отвратиться от главы Священной Лиги.