Орден быстро разрастался и приобрел более прочную организацию, причем главным руководителем был, по-видимому, испанец Лайнец, наиболее примечательная личность среди первых сторонников Игнатия. Отличительной чертой ордена с самого его основания было то, что его члены неуклонно шли к намеченной цели, пренебрегая всем второстепенным. Они отказались от обычных общих религиозных упражнений, посвящая всю свою деятельность на главное: проповедь, исповедь и воспитание юношества.
Во главе иезуитского ордена находится генерал, которому безусловно подчинялись все члены. Первым генералом был избран Игнатий, которого в 1556 году сменил на этом посту превосходивший его умственным развитием Лайнец. Высшее руководство ордена, профессы, избирались из числа старейших и наиболее заслуженных членов (вначале число их было очень ограничено). Младшая степень состояла из схоластиков; между ними и профессами стояли коадъюторы, то есть священники, которые имели серьезную научную подготовку и посвящали себя преимущественно воспитанию юношества, так как профессы, в силу своего четвертого обета, обязывавшего их по приказанию папы или генерала немедленно отправляться в указанное место, были признаны непригодными для занятий, требующих усидчивости. Орден допускал в свою среду в качестве коадъюторов и мирян, также приносивших требуемые три обета, основная задача которых – нести в народные массы идеи знаменитого братства.
Но иезуитский орден требует всецелой, безусловной ему принадлежности. Вступая в него, человек начинает с общей исповеди, в которой заявляет не только о своих недостатках и прегрешениях, но и о добрых качествах. Он отрешается от всяких своих связей. Родственные узы только телесны и не значат ничего перед тем высшим союзом, в который он вступает. Вступив в орден, он не может ни получать, ни писать письма, которые не прочитывались бы старшим. Генерал указывает каждому то место, на котором он может, исходя из своих личных качеств, приносить наибольшую пользу ордену. Одна из основных причин громадного влияния ордена заключается именно в этом.
Однако общество Иисуса сумело отрешиться от обычных приемов власти. Ни один из его членов не облечен духовным саном, потому что это затруднило бы надзор, а также создало бы препятствия каждому конкретному человеку осознавать себя только членом ордена и никем иным. При всей крайней строгости иезуитского устава, он составлен разумно и с пониманием человеческих особенностей. Так, например, в нем настоятельно требуется не преувеличивать религиозных упражнений, не ослаблять себя постом, ночным бдением, не измождать то тело, которое нужно на служение ближнему, и не затемнять непомерными трудами свободы своего мышления.