Оба плененных протестантских вождя стойко переносили выпавшие на их долю испытания. С гордостью рассказывалось о том, как Иоанн Фридрих отверг постановление собора. Он не хотел брать на себя грех, о котором сказано, что не будет ему прощения. В отношение того, что у Иоанна Филиппа отняли Библию и лютеранские книги, он был спокоен, надеясь не позабыть то, чему по этим книгам уже научился. Однако будучи человеком деятельным, жизнерадостным, страстным, он временами впадал в уныние так, что готов был обратиться к собору, лишь бы снова оказаться на воле. Он также негодовал при доходивших до него сведениях о том, что делалось с ведома, если и не по распоряжению императора, так коварно поступившего с ним.

Противникам Карла, попадавшим в его руки, вообще приходилось очень плохо. Взоры всех людей были устремлены на последние оплоты протестантства, из которых главнейшим был Магдебург-на-Эльбе. Город был осужден императором, но осада началась лишь в сентябре 1550 года. Герцог Георг Мекленбургский, маркграф Альбрехт Бранденбургский, курфюрсты Иоахим II и Мориц объединили свои силы для осады города. После того, как к ним присоединился императорский комиссар, начались боевые действия именем императора.

Так называемый «Новый город» был взят довольно быстро, но «Старый город» решился защищаться до последнего. С соборных башен, с высоты 433 ступеней, осаждающих громили четыре орудия. Монастырские колокола переливались на пушки. Вскоре некоторые успехи ободрили горожан. Однажды напав врасплох на противника, они успели захватить епископское знамя и сотню пленных, среди которых на следующий день был опознан, при общем ликовании, сам герцог Георг (декабрь 1551 г.). По всей Германии восхваляли геройский город, стойко оборонявшийся против пяти вражеских армий.