Эта печальная борьба разрешилась сначала битвой на севере Германии. Герцог Георг Саксонский, его зять Филипп, ландграф Гессенский, герцог Генрих Брауншвейгский, соединили свои силы и ожидали еще подкреплений со стороны нового курфюрста Саксонского, Иоанна.

Надгробное изображение Фридриха Мудрого в замковой церкви в Виттенберге.

Бронзовое изваяние, выполненное нюрнбергским мастером Петром Фишером в 1527 г.

Решительная битва произошла при Франкенгаузене (в графстве Шварцбург). На стороне крестьян было 8000 человек, в том числе многие были среди восставших по принуждению, да и согласия в их рядах не было. Сила князей и по численности, и по вооружению, и по военной опытности, и по артиллерии своей была намного значительнее. Князья начали с того, что предложили мятежникам помилование, если они выдадут своих предводителей. Крестьяне стали обсуждать это предложение. Мюнцер еще раз стал воодушевлять их на битву, то восклицая: «Не устрашайтесь ничего, слабодушные маловеры!», то указывая им на радугу, явившуюся на небе, как на знамение их победы. Еще срок, данный им на размышление, не миновал, как последовало нападение со стороны княжеского войска. Залпы орудий произвели страшное смятение в их рядах; обоз их был уже захвачен войсками, а они все еще ждали помощи свыше, и даже запели хором «прииди, Святый Душе, Боже Правый! » А им уже не было спасения: кровопролитие началось страшное и беспощадное. Они пустились врассыпную, бросились бежать с горы вниз, пытались добраться до ближайшего леса, но кавалерия преследовала их по пятам и рубила всех, кого настигала. Ручей, протекавший через Франкенгаузен, окрасился кровью убитых. Сам Мюнцер, которому удалось укрыться на чердаке одного из домов в Франкенгаузене, был разыскан, приведен к князьям и подвергнут пытке. Он не проявил особой стойкости, однако же и в последние минуты жизни напоминал князьям о милосердии по отношению к их несчастным подданным и указывал им на то, чтобы они почаще читали Книги Царств. Затем его повели на казнь: сам герцог Генрих прочел ему «Символ веры», по новому обряду, и Мюнцер повторил молитву. После этого он был казнен вместе со своим наместником, Пфейфером, которого удалось захватить в Мюльгаузене, и вместе с ним еще 92 его сотоварища.