Большей славе Людовика служит то, что его строгое понятие о праве и долге не покидало его и в отношениях к церкви, несмотря на всю его набожность, на которую духовенство возлагало слишком много надежд. Иннокентий IV в своей борьбе с римским императором забывал всякую меру: духовные средства борьбы — отлучения и интердикты — позорно употреблялись для вымогания денег, в которых безгранично нуждались, по-видимому, эти, хотя и не семейные, духовные лица. Но в 1247 г. именно во Франции образовался крупный союз высшего дворянства для отпора становившимся нестерпимыми притязаниям церковников. Незадолго до своей смерти, в 1269 г., Людовик издал постановление под именем «Прагматической санкции», которой с точностью определялись церковные отношения и все притязания духовных лиц принудительно заключались в известные границы.

Грамота Людовика IX. Окружена печатями магнатов, также подписавших ее. Париж. Национальный архив.

Таким образом, Людовик сумел защитить свое королевское достоинство и своих подданных даже против такого могущественного папы, как Иннокентий IV.