А между тем распря между императором и папой продолжалась. Кое-какие упования на ее прекращение появились тогда, когда старый и раздражительный Григорий IX скончался — как раз в то время, когда императорское войско находилось уже близко от Рима. Однако новый выбор папы затянулся почти на два года, до июня 1243 г., и два года Фридрих стоял на высоте величайшего могущества, внушавшего опасения даже соседним государям. Наконец выбор пал на знатного генуэзца Синибальдо Фьески из графского дома ди Лаванья. Он издавна дружил с императором, и можно было надеяться, что и теперь не станет относиться к нему враждебно. Однако Фридрих, по-видимому, не склонен был обольщать себя суетными надеждами: когда его стали поздравлять с выбором нового папы, он отвечал коротко и сухо, что «ни один папа не может быть гибеллином». Однако он выказал себя весьма примирительно настроенным и тотчас вступил с новым папой Иннокентием IV в переговоры, которые длились в течение всего 1243 г., сопровождаемые приостановкой военных действий. Император спешил с окончанием переговоров, т. к. до него доходили весьма неблагоприятные слухи из Германии, и в марте 1244 г. переговоры продвинулись уже настолько, что двое комиссаров Фридриха — высшие представители правосудия в его королевстве, Петр де Винеа и Фаддей из Сессы — уже отправились в Рим для принесения присяги по предварительным пунктам обусловленного мирного соглашения. А между тем обе стороны хитрили и не доверяли друг другу и зорко следили за обоюдными действиями. Фридрих из хода переговоров вывел заключение, что папа, следуя путем своих предшественников, стремится к абсолютной, безусловной власти, с которой возможно соглашение только на почве безусловного повиновения, к которому он не чувствовал расположения и готовности. С другой стороны, и папа не мог оставаться равнодушным к быстрому усилению императорской власти. И вот в то самое время, когда он прикидывался, что готовится к личному свиданию с императором, он приказал небольшой генуэзской эскадре приплыть в гавань Чивитавеккиа близ Рима, сел на корабль и отплыл в Геную, а оттуда направился в Лион, город, который de jure принадлежал к империи, а на самом деле как резиденция архиепископа был почти независим.