И вот началась горячая распря: обе стороны непрерывно обменивались посланиями, и в этой полемике впервые проявились такие идеи, о которых в прежнее время не было и помину. В своем ответе на послание, которому Фридрих также придал форму циркулярной ноты ко всем христианским державам, он требовал общего собора, на котором мог бы предъявить со своей стороны имеющиеся у него против папы обвинения. При этом он взывает ко всем государям, приглашая их быть с ним заодно, т. к. в его лице, императора Римского, всем им нанесена обида. Папа отвечал на эту императорскую ноту новым посланием, в котором возводил на Фридриха всякие небылицы. Так, например, сравнивая его личность с «чумной заразой», он обвиняет его в страшном богохульстве и отрицании основных христианских догматов; а затем возводит на него и такое — весьма опасное по тому времени — обвинение: будто тот заявлял, что человек не должен ничему верить, чего не может исследовать путем умозаключений. Для характеристики того времени важно уже то, что подобные идеи были тогда высказаны: это несомненно доказывает, что вера в церковное учение начинала колебаться, и надо предполагать, что подобные колебания были до некоторой степени следствием крестовых походов, во время которых крестоносцы успели познакомиться с магометанскими верованиями, суевериями и даже неверием и сравнить все это со своими религиозными понятиями и воззрениями. Точно ли позволял себе Фридрих высказывать мысли, навязываемые ему второй папской энцикликой, — неизвестно, хотя он, как человек живой, любил споры, и в споре, среди кружка доверенных лиц, у него могли срываться иногда весьма смелые фразы. Даже строгое преследование ересей, проводимое им, не служит доказательством в его пользу, т. к. во все времена высокопоставленные люди допускали по отношению к себе такое свободомыслие, за проявление которого строго взыскивали с подчиненных и ниже стоявших в общественном положении людей. Однако Фридрих не замедлил с ответом и на вторую энциклику, на «эти басни лженаместника Христова», — и ответил сильно и энергично. Оказалось, что папское отлучение на этот раз произвело на общество весьма слабое впечатление; попытка создать коалицию против Фридриха из преданных папе немецких князей не удалась. Германские прелаты старались всеми силами действовать как примирители: притом и гибеллины (партия императора) всюду в Италии торжествовали над врагами Фридриха. Сам император в начале 1240 г. был уже недалеко от Рима. Переговоры ни к чему не привели, т. к. папа потребовал, чтобы и «ломбардские мятежники» были включены в условия общего мира. Ввиду такой неудачи он созвал в Риме общий собор и стал высматривать между князьями такое лицо, которое он мог бы в качестве претендента на престол противопоставить Фридриху. Но и тут папе не посчастливилось. Граф Робер д'Артуа, брат французского короля Людовика IX, категорически отказался от роли, которую ему хотел навязать папа, а когда множество французских, английских, испанских и итальянских епископов и прелатов в апреле 1241 г. сели в Генуе на корабли, чтобы отправиться на собор в Рим, флот пизанцев, преданных императору, заградил им дорогу, вынудил их принять сражение и завладел 20 кораблями из 27. В числе пленных находилось много высших церковных сановников, которые вместе с двумя папскими легатами были отправлены по приказанию императора в Неаполь.