После краткого периода военных схваток обе стороны предпочли примириться. Примирение при посредстве германских князей состоялось в Сан-Джермано (1230 г.). Император дал полную амнистию всем приверженцам папы, поднявшим за него оружие, папа в свою очередь снял отлучение с императора и всех его сторонников и признал, что Фридрих участием в крестовом походе выполнил обет. Некоторое время спустя папа лично увиделся с Фридрихом в Ананьи, они долго беседовали между собой наедине (один только Герман фон Зальца присутствовал при этой беседе), и, по-видимому, вынесли из этого свидания обоюдно приятные впечатления.